Speaker #0Que savez-vous des zoonoses, ces maladies transmissibles entre les humains et les animaux ? Dans cette série d'épisodes, les éditions Quai vous proposent un éclairage sur ce sujet d'actualité. Que sont les zoonoses ? Quels animaux peuvent les transmettre ? Parmi elles, quelles sont les zoonoses virales ? Les principales zoonoses par groupe taxonomique d'hôtes. Nous abordons ici divers exemples d'agents zoonotiques transmis aux humains par des animaux proches, sur un plan phylogénétique, primate, ou comportemental, animaux domestiques et commencaux, ou avec lesquels les interactions augmentent du fait de la destruction des habitats naturels, chauves-souris. Les primates non-humains. Les primates représentent un ordre avec 518 espèces reconnues en 2018. Actuellement, les primates non humains sont répartis pour l'essentiel dans les zones intertropicales de la planète. Surtout arboricoles et frugivores, mais les exceptions sont nombreuses. Ils disparaissent au rythme de la déforestation. Pratiquement toutes les espèces sont protégées dans leur pays d'origine. Comme les primates non-humains indigènes ne sont présents ni en France métropolitaine, ni en Europe, les magots, Macaca sylvanus, présents à l'état sauvage à Gibraltar, ont été introduits, les contacts potentiels avec ces espèces résultent d'animaux de laboratoire de recherche et d'expérimentation, d'animaux de parcs zoologiques, et de tous les établissements de présentation au public ou d'animaux présents chez les particuliers le plus souvent introduits et détenus illégalement des textes européens conditionnent leur entrée sur le territoire communautaire à des garanties sanitaires mais ces textes sont encore Ausha des risques connus La diversité au sein de l'ordre des primates est assez grande, depuis les plus petits Microseb malgaches, Microsebus sp. ou les Wistitis sud-américains, Calitrix sp. jusqu'aux gorilles africains, Gorilla sp. L'ordre des primates ne comprend pas que des singes. Il est divisé en deux sous-ordres, les strepsyriniens, les mureloris, et les aploriniens, tarsiers et singes. Les singes, infra-ordre des simiformes, sont eux-mêmes séparés en deux grands groupes. Les singes du Nouveau Monde, avec les narines écartées, et les singes de l'Ancien Monde, aux narines rapprochées. L'espèce humaine appartient à cette dernière catégorie, avec la famille des Cercopithécidés, Macaque, Macaca sp. Antelle, Semnopithecus sp. et Cercopithèque, Cercopithécus sp. et la famille des Zylobatidés, Gibbons. Homo sapiens est associé aux gorilles, chimpanzés, Pan sp. et au rang outan, Pongo species, dans la famille des hominidés. Les espèces et les risques vis-à-vis des zoonoses ne seront pas les mêmes selon qu'il s'agira d'animaux dans leur environnement naturel, destinés à la recherche, aux parcs zoologiques ou ceux détenus par des particuliers. Dans le cas de laboratoires de recherche, les espèces introduites sont peu nombreuses, surtout des macaques asiatiques. Elles sont en général d'origine et de statut sanitaire relativement bien connues, car déjà élevées en captivité. En effectif, ils représentent les plus nombreux des animaux de laboratoire importés, avec quelques 2000 ou 3000 individus importés par an en France. Les établissements de présentation au public importent très peu d'animaux par an, mais les espèces peuvent être très variées. Les garanties sanitaires doivent également être d'un bon niveau. Dans le cas des particuliers, on peut juste dire que l'on ne sait pas grand chose, et que les garanties sanitaires n'existent probablement pas. Les maladies virales sont sans doute celles qui inquiètent le plus. La rage figure parmi les plus classiques. Ainsi, à la fin des années 1980, un trafic de magots, macacas sylvanus, depuis l'Algérie vers la région lyonnaise, s'était traduit par plusieurs cas de rage induits par la vaccination. Les petits singes étaient vaccinés, avant leur sortie de l'Algérie, à l'aide d'un vaccin vivant atténué, non adapté à l'espèce et interdit en France. Heureusement, aucun cas de transmission en l'humain ne fut déploré. Une autre maladie qui fait peur est l'infection du LRPS virus simien, ou virus B simien. Même si, mondialement, le nombre de cas humains connus reste faible, quelques dizaines, le taux de létalité est, lui, élevé, 80%. Le virus est lié aux macacas asiatiques, c'est-à-dire toutes les espèces du genre macaca, sauf le magot d'Afrique du Nord. Il faut aussi savoir que les macaques Macaca fascicularis de l'île Maurice, introduits au XVIe ou au XVIIe siècle sur l'île depuis l'Asie du Sud-Est, sont également indemnes, alors que le taux de séropositivité des populations sauvages asiatiques varie de 70 à 100%. Les primates jouent également un rôle dans les cycles sylvatiques des arbovirus, comme le chikungunya, la dengue et le zika. Les fièvres hémorragiques représentent l'autre grand groupe de virus inquiétants, les primates non humains. Selon les cas, ils sont réservoirs, maladies du singe vert africain et fièvre jaune, ou victimes, Ebola en Afrique et Ebola restone en Asie. Alors que toutes les populations des espèces de primates non humains déclinent, nous découvrons leur rôle dans l'épidémiologie de différents virus, bactéries, et parasites potentiellement sévères. Dans beaucoup de situations, Ebola, Mycobacteriose, cependant, les espèces de primatenons humains sont d'abord les victimes de ces épisodis. Les Ausha et les chiens. Les Ausha et les chiens sont deux espèces de la famille des félidés et des canidés, respectivement, appartenant à l'ordre des carnivores, qui comprend quelques 300 espèces. Ils partagent nos vies depuis au moins 9000 ans pour les Ausha, et au moins 15000 ans pour les chiens. Ils peuvent nous transmettre des maladies, essentiellement par le biais des excréments et du pelage, à l'occasion de morsures ou de griffures, par l'intermédiaire d'arthropodes vecteurs ou dans des situations particulières, telles que la mise bas ou la présence d'une plaie. Cependant, les règles d'hygiène de base, ainsi qu'un bon suivi de l'état de santé de son animal de compagnie, permettent en général de limiter les risques de transmission de maladies. Les excréments représentent la principale source de contamination pour l'humain. Ils peuvent contenir des œufs d'Helmint, les vers, des protozoaires et des bactéries. Parmi les Helmint, on trouve des vers ronds, Ascaris et Ankylostome, et des vers plats, Tenia et Echinocoque, qui vivent dans l'intestin de leurs hôtes naturels, le chien et le chat. Ingérés par l'humain, les œufs ou les larves de ces parasites peuvent migrer dans divers organes et provoquer des symptômes plus ou moins graves. Les enfants sont particulièrement à risque de contracter ces parasites, parce qu'ils jouent beaucoup sur le sol, mettent tout à la bouche, et ont des contacts étroits avec les animaux lorsqu'ils leur font des câlins. Une vermification régulière des chiens et des Ausha permet de limiter les risques de transmission domestiques. Le chat est également l'hôte naturel du protozoaire responsable de la toxoplasmose, à laquelle les femmes enceintes doivent être vigilantes. Outre le risque de transmission d'agents pathogènes liés aux excréments qui auraient contaminé le pelage, le contact avec la peau ou le pelage des chiens et des Ausha ne représente pas de danger particulier si les animaux sont en bonne santé et sont régulièrement traités avec des antiparasitaires externes. En revanche, gare aux animaux qui se grattent beaucoup ou perdent leur poil. Ils ont peut-être des puces, ou sont porteurs de la teigne, de la gale. De même, Un animal dont les yeux ou le nez coulent peut être porteur de bactéries susceptibles de donner chez l'humain des symptômes de conjonctivite. Dans toutes ces situations, une visite chez le vétérinaire permettra de poser un diagnostic, et de savoir si il existe ou non un risque de transmission à l'humain. Il convient également d'être très vigilant aux risques liés aux morsures et aux griffures. Les chiens et les Ausha peuvent se faire piquer par des arthropodes vecteurs, et jouer le rôle de réservoir pour un certain nombre d'agents pathogènes. Par exemple, les phlébotomes, présents sur le pourtour méditerranéen, peuvent transmettre Leishmania infantum, un protozoaire responsable de la Leishmaniose chez le chien. Ce parasite pose problème essentiellement aux enfants et aux personnes immunodéprimées, chez lesquelles il provoque des affections cutanées ou viscérales très invalidantes, voire mortelles si elles ne sont pas traitées. Normalement, les chiens ne transmettent pas leurs tiques directement à l'humain. Ils les contractent comme l'humain, à partir de la végétation sur laquelle les tiques sont à l'affût. Les bovins... Les bovins, les ovins et les caprins appartiennent à des sous-familles de la famille des bovidés, appartenant à l'ordre des cétartiodactyles, qui comprend quelques 550 espèces, et dont la principale particularité est de posséder un nombre pair de doigts. Les bovins comprennent plusieurs espèces importantes d'élevage, en particulier les vaches, Bostorus ou les ébus, Bostindicus, ainsi que les yaks, Bostgruniens et les buffles. Genre Bubalus. Les ovins comprennent les moutons, Ovis aries, ainsi que les mouflons sauvages, Ovis spécies. Tandis que les caprins comprennent les chèvres, Capra hircus, ainsi que le bouctin des Alpes, Capra ibex, par exemple. Les bovins domestiques actuels descendent des aurochs, Boss primigenius, aujourd'hui disparus. Domestiqués il y a 10 500 ans au moins en deux endroits distincts. La domestication des chèvres remonte à 10 000 ans avant Jésus-Christ en Iran, et celle des moutons à 8 500 ans avant Jésus-Christ au Moyen-Orient et en Inde. Actuellement, les bovins domestiques sont environ 1,5 milliard dans le monde. Les bovins, les ovins et les caprins sont des ruminants. Leur appareil digestif a la particularité de posséder plusieurs compartiments, qui leur permettent de digérer en remastiquant les aliments après leur ingestion. Les aliments sont ensuite régurgités pour être mélangés avec de la salive, mastiqués à nouveau, puis ingérés. Les ruminants domestiques fournissent aux humains de vastes quantités de viande, des produits laitiers, du cuir et du fumier comme engrais. Ils apportent également des services environnementaux, comme le maintien des prairies et des paysages ouverts, ainsi que leurs forces de travail, dans certains contextes. Parmi les maladies se transmettant des bovins à l'humain, les grandes campagnes de prophylaxie chez l'animal ont permis de nettement limiter la transmission de zoonoses historiquement majeures, comme la tuberculose bovine, due à Mycobacterium bovis, et la brucélose, due à des bactéries du genre Bruxella, même s'il est compliqué d'éradiquer totalement ces maladies. Des exemples de zoonoses alimentaires associés à la consommation de viande bovine sont les intoxinations dues aux souches entéro-hémorragiques et l'encéphalopathie spongiforme bovine, pour laquelle le risque est aujourd'hui maîtrisé. Les personnes les plus exposées aux zoonoses transmises par les ruminants domestiques sont celles qui travaillent quotidiennement avec eux, tels que les éleveurs, les vétérinaires, les travailleurs en abattoir. La transmission peut se faire lors d'un contact avec la peau, la carcasse ou les muqueuses, ou lors de l'inhalation de poussière ou d'air contaminé. La mise bas et la survenue d'avortement constituent des situations particulièrement à risque, car diverses bactéries zoonotiques peuvent être transmises au contact du placenta, comme dans le cas de la fièvre Q. C'est pourquoi, dans les élevages pratiquant l'accueil du public, il est recommandé d'isoler les femelles qui mettent bas dans un local spécifique, interdit d'accès aux visiteurs, ou de limiter les visites pendant les périodes de mise bas. Les porcs et les sangliers Le porc, Sus domesticus, est la forme domestique du sanglier, Sus scrofa. Tous deux appartiennent à la famille des suidés, de l'ordre des cétartiodactyles, comme les bovins. Le porc a été domestiqué dans au moins deux foyers indépendants. L'un au nord de la Mésopotamie, en Irak actuel, vers 7500 ans avant Jésus-Christ. L'autre en Chine, 6000 ans avant Jésus-Christ. Porcs et sangliers sont très proches phylogénétiquement, au point qu'ils peuvent se reproduire entre eux. Du fait de cette proximité, ils présentent une certaine homogénéité dans les risques sanitaires associés. Dans le cas du porc domestique, l'évolution des pratiques d'élevage a certainement considérablement modifié les risques pour la santé publique. Ces risques ne sont pas les mêmes entre les fermes traditionnelles, avec parfois encore des parcours extérieurs en Europe, et les grands ateliers industriels hors sol, sans oublier les ports de compagnie dont la présence se développe. Diverses zoonoses, d'origine virale, bactérienne ou parasitaire, sont associées au suidé. Le virus de l'hépatite E, famille des Héperviridae, genre Ortho-RP virus, est zoonotique, mais son cycle semble combiner plusieurs cheminements possibles. La contamination peut se faire par consommation de viande porcine, mais probablement aussi par contact direct avec des animaux vivants, voire par de l'eau contaminée. Le porc n'est pas le seul réservoir. Les influenza virus circulent volontiers chez les porcs domestiques. Le schéma épidémiologique associant anatidés domestiques, élevage de porcs et humains est souvent présenté comme potentiellement à risque. Si, comme en Asie, des canards sauvages peuvent croiser leurs congénères domestiques qui ont accès à des parcours extérieurs et qui à leur tour peuvent entrer en contact avec des porcs, les épidémiologistes considèrent que des recombinaisons virales pouvant déboucher sur des virus zoonotiques pourraient émerger. Si la Brucellos porcine à Bruxelles à Suisse a pratiquement disparu des élevages industriels, elle est toujours présente chez les sangliers. Le développement des élevages de porcs en plein air, pour des raisons de bien-être animal, à la fin du XXe siècle, a eu une conséquence imprévue en termes sanitaires. En effet, les grillages de ces élevages empêchent bien les truies de sortir, mais ils n'empêchent pas toujours les sangliers mâles de visiter les parcelles. Les éleveurs ont obtenu des portées mi-porcelet, mi-marcassin, et récupéré chez leurs animaux la brucellose porcine. Des cas de contamination humaine directe en manipulant des carcasses de sangliers ont été décrits, mais semblent rares. Pour information, des souches spécifiques de Bruxelles à Suisse circulent indépendamment chez le lièvre européen, l'épus Europaeus. Le porc domestique et le sanglier peuvent héberger deux vers parasites, le vers solitaire, cestode, et la trichine, nématode. Le tegna, tegna solium, est le véritable vers solitaire, présent sous forme adulte, mature et reproductive dans l'intestin humain, et sous forme du cysticerque contaminant, la larve, chez le porcin. Il s'agit d'un parasite dont la présence chez l'hôte représente un coût sanitaire réel. Des programmes de lutte à l'échelle de communautés, de régions, de pays, montrent qu'en combinant les traitements chez les humains avec ceux chez les porcs, associés au respect des règles d'hygiène appropriées, on arrive à éliminer le cycle de transmission du parasite. Des résultats intéressants ont ainsi été obtenus, dans des pays aussi différents que le Pérou et la Zambie. Les chevaux Les chevaux, Aecus cabalus, font partie de la famille des équidés, de l'ordre des périssodactyles, qui comprend 21 espèces, et dont les espèces ont la particularité d'avoir un nombre impair de doigts aux membres postérieurs. Cet ordre comprend trois familles, les équidés, chevaux, ânes, Aecus assinus, Aespecies, zèbres, Aecus grevii, Aespecies, qui possèdent un seul doigt visible aux quatre membres. Les tapiridés, qui possèdent trois doigts au postérieur et quatre aux antérieurs, et les rhinocérotidés, avec trois doigts aux quatre membres. C'est aux alentours de 4500 ans avant Jésus-Christ, après les bovins, que l'humain a domestiqué le cheval dans les steppes eurasiennes. Les principales zoonoses provenant des équidés sont liées à des contacts cutanés avec les animaux infectés par la teigne ou la gale, ou liées à un manque d'hygiène dans la manipulation du crotin. Les maladies les plus graves sont désormais très rares, voire absentes en France, grâce aux mesures de lutte mises en place. On peut mentionner la pseudotuberculose, Yersinia pseudotuberculosis, le charbon bactéridien, Bacillus anthracis, et la morve, Burkholderia malei, infection qui a quasiment disparu. Ces deux dernières bactéries sont considérées comme des agents de bioterrorisme, du fait de la faible dose infectante et de la possibilité d'infection par aérosol. On peut également mentionner le rôle des chevaux dans l'émergence du virus Endra, en Australie. Enfin, les chevaux peuvent être atteints par des arbovirus responsables d'encéphalomyélites virales, notamment l'infection à virus West Nile dans le bassin méditerranéen, l'encéphalite japonaise en Asie et en Océanie, ou les encéphalomyélites équines américaines sur le continent américain. Selon le type de virus, des espèces d'oiseaux ou de rongeurs sont réservoirs. Le cheval est un cul-de-sac épidémiologique, c'est-à-dire qu'il ne retransmet pas le virus aux moustiques vecteurs. Les chevaux ne sont donc pas des sources de contamination, mais peuvent jouer le rôle de sentinelles, indiquant que le virus circule dans la zone. Enfin, on associe le cheval au risque de tétanos, car l'espèce est extrêmement sensible à cette maladie. Les rongeurs. Les rongeurs représentent l'ordre de mammifères ayant le plus grand nombre d'espèces, devant les chiroptères, et loin devant tous les autres ordres. Pour un total de 6495 espèces de mammifères recensées en 2018, les rongeurs en comptent 2552, soit 39%. Les chiffres et les pourcentages peuvent évidemment varier un peu avec les sources, mais par un simple effet de nombre, la biodiversité spécifique des rongeurs peut offrir une plus grande diversité d'agents pathogènes que les autres ordres. Il n'est donc pas possible de prétendre être exhaustif, mais voici quelques grandes entités particulièrement importantes en santé publique. En ce qui concerne les maladies virales, les plus notables pour la santé humaine sont les antaviridés, les poxviridés, monkeypox et copox, genre orthopoxvirus, et les arénaviridés. Les antaviridés sont responsables de fièvres hémorragiques à syndrome rénal dans l'ancien monde, et aussi de maladies respiratoires dans le nouveau monde, où leur découverte est beaucoup plus récente, puisqu'elle date des années 1990. De nombreuses espèces de rongeurs hébergent des souches virales dans le monde, avec une évolution relativement parallèle entre hôtes et virus. Chaque couple, hôte-souche, est lié à une répartition géographique assez précise. Inversement, la souche Séoul, liée au rat sur Mulot, Ratus norvegicus, devenue cosmopolite, est largement distribuée sur la planète, en particulier dans les grandes villes où le rat est bien présent. Les situations à risque pour la santé publique correspondent soit à des expositions humaines en zone rurale ou en voie de déforestation, soit à des pullulations localisées de ces espèces, qui envahissent alors les territoires humains, maisons, villages, devenant temporairement commensales. En Europe, la souche Pumala est associée au campagnol roussâtre, Clétrionomis glareolus. En France, la maladie est connue dans le massif des Ardennes, à la frontière belge. La famille des pox viridae est représentée chez de nombreuses espèces de vertébrés. Ces virus sont en particulier bien connus chez les mammifères. La variole, éradiquée grâce à la vaccination à la fin du XXe siècle, est l'exemple propre à l'espèce humaine. Mais il existe de nombreux autres virus de la même famille, particulièrement chez les rongeurs, même si le nom donné à ces virus ne l'indique pas. Le virus scopox est connu chez des rongeurs champêtres européens, et le virus monkeypox est présent chez des espèces africaines. Ce dernier virus est suivi par l'Organisation mondiale de la santé. En effet, les jeunes générations n'étant plus vaccinées contre la variole, les épidémiologistes se demandent si la niche écologique laissée vacante ne pourrait pas être occupée par d'autres pox viridae, le virus du monkeypox tout particulièrement. La famille des arénaviridae est probablement moins connue. Le virus responsable de la fièvre de l'assa est celui de la chorioméningite lymphocytaire en sont deux exemples. Les contaminations de l'humain par ce dernier virus sont liées aux hamsters et aux souris de compagnie, et peuvent avoir de graves conséquences pour les fœtus chez les femmes enceintes. Le virus de l'assa circule en Afrique de l'Ouest, en particulier au Nigeria, où depuis des années, les cas comme les décès sont toujours trop nombreux. Le virus est hébergé par des mûridés du genre Mastomys, rats à mamelles multiples. Ces rongeurs ne sont pas habituellement anthropophiles, mais selon leur cycle de population, ils peuvent se rapprocher des habitations et des greniers à grains, ce qui augmente les risques de transmission vers les humains. Concernant les bactéries, la peste Yersinia pestis, les Leptospirose et la Brucellose à Bruxelles-Suisse sont trois exemples classiques. Les Leptospires sont hébergés dans le système urinaire de nombreuses espèces de rongeurs. Ces derniers éliminent les bactéries avec leur urine. Les espèces amphibies, comme les rats surmulots, les rats musqués, on datera zybéticus, et les ragondas, myocastores coipus, toutes introduites en Europe, peuvent donc souiller et contaminer les plans d'eau, rivières, canaux, zones humides qu'elles habitent. Les leptospires ne passent pas une peau saine, mais peuvent franchir une peau écorchée ou ayant séjourné longtemps dans l'eau. C'est ce qui les rend dangereuses dans certaines cultures, comme le riz ou la canne à sucre, dans les départements ultramarins, où les personnes sont parfois mal équipées. En métropole, la maladie est reconnue professionnelle pour les égoutiers. Elle voit son incidence annuelle remonter depuis 2014, sans que la cause en soit élucidée. Les chauves-souris. Avec 1386 espèces connues à ce jour, soit 21% des espèces de mammifères, l'ordre des chiroptères, qui regroupe l'ensemble des chauves-souris, constitue le deuxième ordre en nombre d'espèces après celui des rongeurs. L'Union Internationale pour la Conservation de la Nature Estimé en 2019 que 15% d'entre elles étaient menacées de disparition. Comme pour les rongeurs, cette diversité explique en partie qu'elles hébergent une si large gamme d'agents pathogènes. Elles sont présentes sur tous les continents, sauf l'Antarctique. Elles ont développé l'écho-location, un système sonare. Les échos de leurs cris renvoyés à leurs oreilles leur indiquent la position des éléments de leur entourage. En Europe, les chauves-souris sont très petites, de 5 à 45 grammes, et exclusivement insectivores. En Asie et en Océanie, on trouve aussi les ptéropus, appelés aussi roussettes ou renards volants, qui sont frugivores, et parmi les plus grandes du monde. Elles peuvent atteindre 1 kg et plus de 1,20 m d'envergure, elles ne disposent pas de sonar. D'autres espèces, de la famille des ptéropodidées, habitent l'Afrique, mais elles sont absentes d'Amérique. Elles peuvent parcourir plusieurs milliers de kilomètres. L'Amérique tropicale est la seule région du monde à héberger des espèces hématophages, les trois espèces de chauves-souris vampires. Comme tous les animaux sauvages, elles sont porteuses de nombreuses espèces de bactéries antéropathogènes. Elles sont aussi infectées par des champignons microscopiques, notamment du genre Histoplasma, présent dans leur guano, et susceptible d'être transmis à l'humain par voie aérienne, par exemple lors de la visite d'une grotte, et pouvant entraîner des problèmes respiratoires chez les personnes non protégées ou immunodéprimées. Les chauves-souris sont aussi connues pour être un réservoir de plusieurs virus de la rage, genre lissavirus, qui sont différents de ceux qui provoquent la rage du chien et du renard. Mais la maladie humaine est la même. Elle est mortelle si un traitement n'est pas mis en place rapidement. La contamination peut se faire par morsure, griffure ou léchage. Les chauves-souris enragés peuvent avoir un comportement modifié, comme se laisser approcher ou avoir des difficultés à voler. Par conséquent, il est très important de ne pas toucher une chauve-souris blessée, au comportement étrange ou morte. Le mieux est de contacter des personnes spécialisées, telles que des chiroptérologues ou des vétérinaires, qui pourront établir un diagnostic. Le virus de la COVID-19, SARS-CoV-2, est venu s'ajouter à la liste des virus émergents dont les chauves-souris sont les réservoirs potentiels ou avérés. C'est aussi le cas du virus Hendra, décrit pour la première fois en 1994 en Australie. Suite à la mort de chevaux et de leurs soigneurs, tous atteints brutalement d'un syndrome de détresse respiratoire aiguë. Les chevaux avaient contracté l'infection à partir de fruits souillés par l'urine et la salive de ptéropus infectés, et avaient ensuite contaminé le soigneur. Les ptéropus sont aussi impliqués dans la transmission du virus Nipah, pour lequel le taux de létalité varie entre 40% et 75% chez les humains. La première épidémie remonte à la fin des années 1990, en Malaisie, où la déforestation pour des plantations de palmiers à huile a entraîné la destruction de l'habitat des chauves-souris. Elles ont trouvé de la nourriture dans les fermes de porcs, où étaient plantés des arbres fruitiers, et ont ainsi contaminé les porcs qui, à leur tour, ont contaminé les humains. Depuis, des épidémies ont lieu régulièrement en Inde et au Bangladesh, avec une contamination humaine directe, par ingestion de sirop de palme ou de fruits contaminés. De même, des chauves-souris frugivores sont suspectés d'être le réservoir sauvage des phyllovirus, responsables des fièvres hémorragiques Marburg et Ebola en Afrique, même si la question n'est pas encore totalement élucidée. Enfin, des chauves-souris insectivores, genre Rhinolophus ou Taphosus, sont suspectés de jouer un rôle dans l'émergence des coronavirus SARS-CoV-1, SARS-CoV-2 et MERS. Les chauves-souris Des super réservoirs à virus ? Virus Nipah, Endra, Ebola, SARS-CoV-1, SARS-CoV-2... A chaque émergence virale, ou presque, les chiroptères sont montrés du doigt. Pourtant, la proportion de virus zoonotiques parmi l'ensemble des virus hébergés par les chiroptères ne semble pas spécialement plus élevée que chez les rongeurs, par exemple. Alors les chauves-souris sont-elles vraiment des super réservoirs à virus ? De nombreuses études se penchent sur la question et soulignent les caractéristiques qui leur sont propres, et joueraient un rôle dans l'émergence de virus. Parmi les mammifères, les chiroptères sont des espèces longévives, avec une espérance de vie pouvant atteindre les 20 à 30 ans, ce qui les expose potentiellement à davantage d'agents pathogènes. De plus, elles peuvent se regrouper en immenses colonies de plusieurs milliers, voire millions d'individus, ce qui facilite la diffusion des virus entre individus. Mais c'est le fait qu'elles soient les seules mammifères douées d'un vol actif qui intrigue le plus. Le vol est coûteux sur le plan métabolique, et serait ainsi lié au développement de voies très efficaces de réparation de l'ADN et d'atténuation du stress oxydatif. Ces voies auraient favorisé une meilleure tolérance au virus, mais peut-être aussi d'autres particularités, comme la longévité des chauves-souris et l'absence de cancer. Quoi qu'il en soit, ce ne sont pas les caractéristiques propres des chauves-souris qui provoquent les émergences de maladies virales, mais bien les bouleversements environnementaux qui détruisent leur habitat et modifient les interfaces de contact avec les humains. Il est important de protéger les chauves-souris, car elles jouent un rôle essentiel dans le fonctionnement des écosystèmes, comme la régulation des populations d'insectes, la pollinisation et la dispersion des graines. Les oiseaux la classe des oiseaux comprend plus d'espèces que celle des mammifères avec quelque espèces dont la moitié de l'ordre des passeriformes passereaux nous sommes donc encore loin de connaître l'ensemble des agents potentiellement pathogènes qu'ils hébergent les oiseaux sauvages partagent aujourd'hui avec les humains la particularité de pouvoir se déplacer rapidement sur de grandes distances chaque année en période de migration des milliards d'oiseaux transitent d'un continent à l'autre pour rejoindre selon la saison leur site d'hivernage ou de nidification Au cours de ces déplacements, les oiseaux migrateurs véhiculent avec eux tout un panel de parasites, bactéries et virus, dont certains sont potentiellement pathogènes pour l'humain, chez lesquels ils provoquent trois types principaux de symptômes, digestifs, respiratoires et ou cutanéomuqueux et nerveux. Ils sont probablement à l'origine de la très large répartition de nombreux agents pathogènes. Sur une échelle de temps plus courte, ce transport par les oiseaux peut entraîner l'introduction ponctuelle d'agents pathogènes dans des zones jusqu'à leur indemne, et conduire à l'émergence de maladies nouvelles pour les populations locales. Les fientes d'oiseaux contiennent des agents responsables de gastroentérites, par exemple des bactéries des genres Salmonella, Campylobacter, Yersinia, Echerichia coli ou des parasites du genre Gardia. Les espèces qui partagent leur habitat avec les humains, en particulier les mouettes et les goélands, qui fréquentent les décharges ou les stations d'épuration, sont particulièrement exposées aux bactéries résistantes aux antibiotiques présentes dans les déchets et peuvent contribuer à les disséminer dans l'environnement. Les fientes d'oiseaux peuvent aussi être une source d'infection par une bactérie intracellulaire, Chlamydia psittaci, agent de la psittacose chez l'humain. Une maladie qui se traduit par un syndrome pseudogrippal pouvant évoluer en infection pulmonaire sévère. Les oiseaux sont porteurs sains, notamment les palmipèdes. Le personnel des élevages clos de volailles et des abattoirs de canards est particulièrement exposé. La population mondiale de poules, Gallus gallus, était estimée à plus de 22 milliards en 2017 par l'Organisation des Nations Unies pour l'Alimentation et l'Agriculture. Les virus les plus à craindre chez les oiseaux domestiques, car pouvant avoir un impact en santé publique, sont certainement les influenza virus, responsables de la grippe. Par contre, contrairement aux idées évoquées parfois dans les médias, la transmission de virus de la grippe des oiseaux sauvages aux humains est extrêmement rare. En effet, bien que les oiseaux hébergent fréquemment des virus grippaux et les excrètent dans leurs fientes, il s'agit de virus aviaire, non transmissible à l'humain, ou éventuellement susceptible de n'entraîner qu'une conjonctivite. Le virus A, H5N1, hautement pathogène, apparu chez les volailles domestiques en 2003, constitue une exception, puisqu'il est fortement pathogène à la fois pour l'humain, et pour les oiseaux Les oiseaux sauvages sont les réservoirs de virus et de bactéries zoonotiques transmis par des arthropodes vecteurs, comme les bactéries, causant la borreliose de Lyme, transmises par l'éthique, ou divers arbovirus, responsables d'encéphalites chez l'humain et les équidés, transmis par les moustiques. Infections à virus West Nile, encéphalites de Saint-Louis, encéphalites japonaises, encéphalites équines de l'Est et de l'Ouest, etc. En Europe, seul le virus West Nile est présent. est également présent le virus Ouzoutou, d'origine africaine, qui touche principalement les espèces de passereaux. Il n'est que rarement et sporadiquement transmis à l'humain, mais a été la cause de plusieurs épisodes de mortalité massive de passereaux, en particulier de merle noir, Turdus merula, depuis le milieu des années 2010. Les oiseaux sont porteurs de champignons microscopiques, appartenant notamment au genre Cryptococcus, Histoplasma, Candida, Aspergillus, dans leur plumage, leur bec ou leur tube digestif. Ces champignons peuvent provoquer des infections respiratoires ou cutanées chez l'humain, surtout chez les enfants en bas âge, les personnes âgées, ainsi que les personnes immunodéprimées, notamment atteintes du VIH ou sous chimiothérapie en raison d'un cancer. Enfin, malgré leur nom, les oiseaux ne représentent pas les seules sources de contamination des bactéries responsables du complexe Mycobacterium avium. Ce sont en fait des micro-organismes de l'environnement, les oiseaux pouvant effectivement en être infectés et les excréter. On les associe surtout aux élevages traditionnels et aux basse-cours familiales. Chez les humains, une exposition peut occasionner une maladie non-tuberculeuse chez les sujets fragiles.
